政党交付金の目的は、政治献金を少なくしクリーンな政治を実現させることにあるが、問題点もある。この政党交付金は税金から出るので支持していない政党へも資金を提供しなければならないこと、参政権はないが税金は納めている外国人や未成年者も政党の資金を負担しなければならないこと、要件に当てはまらない政治団体は一定の得票を得ていたり地方議会で数多くの議席を得ていたり首長を出していたりしても助成金をもらえないことなどがある（当然地域政党は国会に進出しない限り、交付金を得られない）。また、助成金は年末・年始（4月、7月、10月、12月に25%ずつ）に支給されるため、年末になると助成金目当ての政党の離合集散が起きているという指摘もあり、1996年12月26日に結党した太陽党は一部メディアから批判された。また、自由民主党非公認の保守系無所属当選組5人による院内会派「グループ改革」が自民党移籍前に、政党化して交付金を受け取ろうと試みたが、世論の強い反発が予想され断念している。そのため日本共産党は「思想良心の自由に反し、憲法違反である」（東京地裁は合憲の判決を出している。学説では違憲説が多数だが、「政党は準国家機関であり、公費助成は正当｣とする少数説もある）「税金の無駄遣いである」「企業団体献金禁止を名目に助成制度を作ったにもかかわらず、現在も企業団体献金を残しているのは有権者への裏切り」として政党助成制度の廃止を主張しており、助成金受け取り団体に登録していない（その分は他の政党に配分されている）。第二院クラブは当初、登録しておいて受け取りを拒否し、自党が受け取るはずの助成金を国庫に戻させていたが、佐藤道夫の代表就任以降、財政難を理由に受け取るようになった。社会民主党は阿部知子が「NPOや市民活動と同じく、お金のない一般市民が政党を作り政治に参加するための財政保障制度として必要不可欠」と増額を主張しており、辻元清美は受け取り拒否を「ポピュリズム」と批判している（但し、土井たか子は2003年総選挙のパフォーマンスとして廃止を主張したことがある）。新党護憲リベラルなど、「議席に応じて受け取り額が異なるのは不公平｣と、公平性を理由に反対した党派もある。
また、政党交付金の導入は、ミニ政党への締め付けの強化と同時に行われている。具体的には、選挙費用（ポスター、ビラ、広告代など）は公費負担が原則だが、公費負担の足切りを強化し、選挙区では供託金没収、比例代表区では一定の得票率（参議院では1%、衆議院ではブロックごとに2%）未満の候補者は公費負担の多くを受けられなくしたことなどである。このため、従来はこうした「泡沫候補」に使われていた費用を、既成政党で分け取りしたに過ぎないという批判もある。
政党の政治活動の自由を尊重する観点から、政党交付金の使途について制限してはならないと定められているため、その使い道は貸し植木代、タクシー代、高級料亭などでの飲み食い、党大会の会場費、自動車税の支払い、テレビCM放映料などにも及んでいる。
スポット 美容整形 賃貸 結婚 SEM促進 仏具 成人病 ゲーム 多汗症 美容 学習指導 特産物 音楽 旅館 ケア 法人設立 ネイル SEO対策 クレジット 多汗症 葬儀 リラク 墓石 英会話 事務用品 楽器教室 交通地図 審美歯科 遊園地 健康 エージェント 出会い 化粧品 宣伝 タロット 多汗症 老人 リラク おもちゃ 資格 学習 学習 観光 しみ取り SOHO ケア 税理士 実益 起業 生活雑貨
政党交付金に依存する体質ができると政党は世論より税金の動きを気にするようになり、支持者の意見を聞いたり、自ら政策の理解を訴えて支援を呼びかけたりすることをやめてしまう。逆に、政府与党が他党の資金をも握ることとなり、統制・介入につながる危険性もある。
「政党交付金は国会の議席数に基づいて配分されるため、大型国政選挙で大敗すると交付金が大幅に減らされることになる。一度政党交付金に依存する体質ができてしまうと、その政党には経済的窮乏と混乱が生じることになる。これも政党の離合集散の原因になる」という意見もある。2007年分の政党交付金は、大敗した自民党は年初の見込み額から5億1600万円減の165億9500万円、一方、躍進した民主党は5億7000万円増の110億6300万円となった。